Domanda:
URL di download stabili
Manuel
2017-06-01 04:40:03 UTC
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Un grosso problema che affronto regolarmente è che gli URL per il download di dati bioinformatici (ad esempio, le versioni di RefSeq o le versioni del genoma NCBI) scompaiono.

Qualcuno ha qualche buona soluzione per questo?

Hai esempi di URL specifici che hanno smesso di funzionare? Alcuni progetti si sforzano molto di fornire permalink.
I rilasci del genoma sono dotati di versione, quindi l'URL potrebbe spostarsi ma i dati sono ancora presenti.
Potresti specificare quale piattaforma o quale tipo di dati stai cercando per un URL stabile? Molti siti forniscono un server ftp per grandi download
Penso che questa sia una buona domanda, forse con piccole modifiche: gli URI per i database di grandi dimensioni raramente scompaiono ma gli identificatori stabili non sono sempre contrassegnati in modo evidente (ad esempio Ensembl ha come impostazione predefinita la versione "corrente" piuttosto che un URI stabile).
La domanda dovrebbe essere condita con alcuni esempi, ma solleva un punto molto positivo.
Mi riferivo a cose NCBI, ad esempio, dbSNP in cui l'ultima versione di GRCh37 è scomparsa e deve essere interpolata da una tabella UCSC.
Una risposta:
#1
+4
Matt Bashton
2017-06-03 18:36:29 UTC
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Il Persistent uniform resource locator o PURL è una di queste soluzioni, questi sono progettati per essere un po 'più robusti dei permalink in quanto dovrebbero sopravvivere al cambio di nome di dominio. La comunità di bio-ontologia li utilizza già http://purl.bioontology.org/docs/index.html



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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