Domanda:
Come si costruisce un cladogramma di relazioni intraspecie?
twmccart
2017-05-18 00:20:52 UTC
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Ho dati SNP da diverse cultivar di riso che ho utilizzato per produrre allineamenti, ma non credo che i soliti modelli e algoritmi utilizzati per la generazione di alberi filogenetici siano appropriati, perché queste cultivar non sono il risultato di eventi di speciazione e sono stati incrociati nelle loro storie. Come posso calcolare e visualizzare al meglio il loro grado di parentela?

Stai assumendo una topologia ad albero quando vuoi disegnare un cladogramma. Sotto questo presupposto, puoi semplicemente usare i tipici costruttori di alberi. La loro principale ipotesi è la relazione simile ad un albero.
Tre risposte:
#1
+4
nuin
2017-05-18 09:30:57 UTC
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Anche con consanguineità e altri fenomeni genetici che potrebbero mascherare l'evoluzione effettiva di queste cultivar, qualsiasi metodologia filogenetica sarebbe in grado di determinare le relazioni con precisione.

Prova a creare un albero Neighbor Joining con MEGA, che è uno dei metodi più semplici disponibili. Questo dovrebbe darti abbastanza per controllare le relazioni delle cultivar.

#2
+1
Jonathan Moore
2019-08-21 19:58:38 UTC
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Se le adesioni sono state incrociate (in conflitto con una filogenesi simile ad un albero), potresti provare Splitstree, che cerca di stimare una filogenesi simile ad un albero con eventi di ibridazione aggiunti.

#3
  0
Michael
2019-08-21 20:08:51 UTC
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Aspetta, hai ragione, ma qui gli alberi non funzionano.

Questa è l'area della genetica delle popolazioni. Genererai frequenze alleliche per ogni locus. Le frequenze alleliche verranno utilizzate per eseguire l'equilibrio di Hardy-Weinberg, le statistiche F, Fst e Fis

H-W inizia usando l'API della struttura per calcolare quante popolazioni hai. Questa è un'informazione vitale per le prossime due analisi:

  • Fis è particolarmente utile qui perché è il coefficiente di consanguineità, più vicino è 1 maggiore è l'incrocio di dati attraverso i dati .

  • Le distanze Fst possono essere utilizzate per generare un albero, ma questo non è un modello di mutazioni puntiformi, piuttosto un modello di migrazione tra popolazioni. Puoi inserire la matrice della distanza in MEGA e creare un albero da essa, Fstat API (penso) lo farà per te.

La pop gen è difficile da ottenere la tua testa all'inizio, ma ti ci abituerai.



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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