Domanda:
Posso modellare repliche tecniche in DESeq2?
Konrad Rudolph
2017-05-24 14:32:27 UTC
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Normalmente userei collapseReplicates (o eseguirò il collasso a monte) per gestire repliche tecniche.

Tuttavia, nel mio attuale progetto sperimentale RNA-seq, i campioni sono stati sequenziati due volte utilizzando diversi protocolli di preparazione della libreria, portando a marcate differenze nelle stime del conteggio risultante (infatti, la scelta di un protocollo diverso spiega la maggior parte della varianza nei dati di massa secondo PCA). Vorrei quindi modellare queste differenze aggiungendole come covariata al modello DESeq2.

pensavo di poter aggiungere un altro fattore alla formula di progettazione, equivalente a l'esempio "pasilla" nella vignetta DESeq2, che aggiunge il fattore type per il tipo di libreria (single-end vs paired-end). Tuttavia, la vignetta pasilla afferma che queste diverse librerie sono in realtà repliche biologiche indipendenti, non repliche tecniche come avevo ipotizzato in precedenza.

Ora preoccupato che avere repliche tecniche nel progetto potrebbe aumentare artificialmente la potenza. Il progetto può essere recuperato?

Vale la pena notare che anche abbiamo repliche biologiche e un progetto a rango completo; cioè ogni combinazione di trattamento e preparazione della libreria, con repliche biologiche.

Due risposte:
#1
+5
Devon Ryan
2017-05-24 15:20:26 UTC
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In pratica, non c'è modo di includere le repliche tecniche in quel progetto (almeno in DESeq2). La tua preoccupazione riguardo al gonfiare la potenza è esattamente corretta e l'unico modo per combatterlo sarebbe aggiungere un fattore di accoppiamento come si potrebbe fare con studi sul controllo del caso o sul tumore normale. Cioè qualcosa come:

  libreria di gruppoPrep sample1 WT A 12 WT B 13 MUT A 24 MUT B 25 WT A 36 WT B 37 MUT A 48 MUT B 4  

Qui sample accoppia i replicati tecnici insieme. Tuttavia, questo finisce per essere carente di rango o alla fine non più informativo.

#2
+5
A_Skelton73
2017-05-24 16:09:19 UTC
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Se sono repliche veramente tecniche, non c'è modo di modellarle usando DESeq2 *, come hai accennato con la funzione collapseReplicates . La raccomandazione generale di DESeq2 / Mike Love con collapseReplicates è semplicemente di aggiungere le letture insieme per le repliche tecniche.

Se vuoi modellarli invece di comprimerli, puoi voom trasformare i tuoi dati e seguire un esempio simile alla sezione 11.3 nella Guida per gli utenti di Limma.

(Esempio di codice da 11.3):

Design

  | FileName | Cy3 | Cy5 || --------- |: -----: | ----: || File1 | wt1 | mu1 || File2 | wt1 | mu1 || File3 | wt2 | mu2 || File4 | wt2 | mu2 |  

Esempio

  > biolrep <- c (1, 1, 2, 2) > corfit <- duplicateCorrelation (MA, ndups = 1, block = biolrep) > fit <- lmFit (MA, block = biolrep, cor = corfit $ consensus) > fit <- eBayes (fit) > topTable (fit, Adjust  

* Modifica: come menziona @Devon Ryan, puoi progettare un modello accoppiato in DESeq2 , ma fai attenzione a fare questo rango completo.

Questa risposta mi fa pensare che abbiamo bisogno del supporto del layout delle tabelle su questo sito web: le tabelle delle caratteristiche / conteggi / ... saranno estremamente comuni qui.
@KonradRudolph - D'accordo, è stato un peccato quando ho scoperto che le tabelle di markdown non erano supportate!


Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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