Domanda:
Esiste un set di dati multi-omico pubblicamente disponibile?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
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Sto cercando un set di dati multi-omico che possa includere genomica, trascrittomica e proteomica (ad es. snyderome). Ho bisogno di un set di dati di questo tipo per uno scopo introduttivo di esplorazione dei dati. Quindi può provenire da qualsiasi organismo host e da qualsiasi metodo / condizione sperimentale.

Esiste un database / repository dove posso trovarlo?

Hai davvero bisogno di tutti e 3 o 2 di questi funzioneranno? Per "genomica", vuoi segni istonici (o metilazione) o solo DNAseq (ad esempio, per la denominazione di varianti)?
la genomica (DNAseq) sarebbe essenziale. il resto degli strati (almeno due) funzionerebbe.
Per favore [modifica] la tua domanda e chiarisci di cosa hai bisogno. Tutto deve provenire dalla stessa cellula o individuo? Stai cercando l'insieme delle proteine ​​espresse, l'RNA trascritto e la sequenza del genoma associata? O forse quelli di una condizione specifica? Cos'è la genomica parallela?
Volevo dare un suggerimento per riformulare la domanda, ma a quanto pare ho fatto la modifica. Se ora non dice quello che volevi, sentiti libero di cambiarlo di nuovo ...
Tre risposte:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
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Esiste un database chiamato OmicsDI, dove è possibile cercare set di dati multi-omici.

Ecco un link della pubblicazione associata (Perez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public Omics Datasets." BioRxiv (2016): 049205.) per maggiori dettagli.

#2
+3
user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
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Ci sono diversi set di dati disponibili su GEO, anche se devi cercarli. Ad esempio, ecco tre set di dati che hanno sia la metilazione Illumina che il profilo di microarray di espressione genica:

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
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Accanto a OmicsDI, l'EBI ha un repository speciale per set di dati multi-omici: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Collega i diversi set di dati tra i repository, ad es. PRIDE per dati basati su MS / MS e ArrayExpress per dati RNASeq.



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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