Domanda:
Strumenti per la simulazione delle letture Oxford Nanopore
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
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Sono disponibili strumenti software open source gratuiti per la simulazione delle letture Oxford Nanopore?

Per cosa pensi di simulare i dati? A mio parere, data la ricchezza di set di dati reali disponibili pubblicamente, non c'è bisogno di simulazione se non in casi d'uso molto specifici.
Spesso è utile simulare una variante o un altro tipo di artefatto genomico per valutare se uno strumento o una serie di strumenti può identificare correttamente l'artefatto. Questo è molto più facile da fare su dati simulati di cui si conosce la risposta esatta ed è estremamente prezioso anche se i dati simulati non riflettono perfettamente i dati reali.
Quattro risposte:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
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Per caso, proprio oggi ho sentito parlare di un simulatore di lettura di nanopori, NanoSim. È rilasciato con una licenza GPL. Non l'ho mai usato, però ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
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Simulatori progettati specificamente per Oxford Nanopore:

Simulatori generali di lettura lunga:

Per un elenco esaustivo di simulatori di lettura esistenti, vedi pagina 15 della mia tesi, Nuove tecniche di calcolo per mappare e classificare i dati di sequenziamento di nuova generazione .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
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Oltre al già citato NanoSim, ci sono anche SiLiCO e ReadSim (sebbene non sia stato aggiornato da oltre 2 anni , quindi non sono sicuro di quanto sia rilevante a questo punto considerando la velocità con cui sta progredendo la tecnologia).

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
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I migliori simulatori di lettura di nanopori sarebbero associati ai migliori utenti di base. Affinché un chiamante di base modifichi efficacemente il filamento di DNA, deve tenere in considerazione il modello elettrico sottostante atteso insieme al rumore del segnale associato (sia nella dimensione temporale che in quella di ampiezza). In teoria, dovrebbe essere possibile invertire l'algoritmo e generare un segnale elettrico data una sequenza sottostante.

Sfortunatamente, non sono a conoscenza di alcuno strumento che tenti di simulare letture di nanopori a livello elettrico. Qualsiasi "simulatore di lettura di nanopori" che si concentri solo sulla sequenza di basi dovrebbe comprendere tutti i possibili modelli di software di identificazione delle basi esistenti, il che è un compito impossibile (in particolare considerando la velocità con cui ONT aggiorna i propri chiamanti di base).



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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