Domanda:
Strumento per prevedere le interazioni nella cella
jaslibra
2017-06-27 01:06:27 UTC
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Quali strumenti sono disponibili per prevedere, in base alla struttura di una certa proteina, le sue interazioni all'interno di una cellula?

Ad esempio, sto considerando la proteina GFP divisa e sto cercando di prevedere se esiste saranno tutte le interazioni che potrebbero ostacolare la sua efficienza di legame con l'altra metà della proteina GFP.

Nota che non sto solo cercando interazioni proteiche, ma anche altre molecole.

Due risposte:
#1
+7
terdon
2017-06-27 13:17:20 UTC
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Potresti provare uno di questi strumenti per prevedere le interazioni proteina-proteina:

  1. Struct2Net

    Dati due sequenze proteiche, la tecnica di previsione dell'interazione basata sulla struttura collega queste due sequenze a tutti i complessi proteici nel PDB e quindi sceglie la migliore corrispondenza potenziale. Sulla base di questa corrispondenza, il metodo genera punteggi di allineamento, punteggi z e un'energia interfacciale per la coppia di sequenze. La regressione logistica viene quindi utilizzata per valutare se un insieme di punteggi corrisponde o meno a un'interazione. L'algoritmo viene esteso anche per trovare tutti i potenziali partner a cui è stata assegnata una singola sequenza proteica. Ulteriori dettagli sul metodo sono descritti qui.

  2. PRED

    Pred_PPI è un sistema basato sul web che serve per prevedere gli IPP da diversi organismi. Questo server è liberamente disponibile per qualsiasi ricercatore che desideri utilizzarlo per scopi non commerciali. Basato sull'auto covarianza (AC) e sulla macchina a vettore di supporto (SVM), questo strumento è in grado di prevedere i PPI per qualsiasi coppia di proteine ​​bersaglio solo utilizzando le loro sequenze primarie e assegnare anche una probabilità di interazione a ciascuna previsione SVM. Quindi l'utente può utilizzare questo strumento per prevedere nuovi PPI con elevata sicurezza.

Per le interazioni proteina-RNA, puoi provare:

  1. cat Rapido

    Attraverso il calcolo della struttura secondaria, del legame idrogeno e dei contributi di van der Waals, catRAPID è in grado di prevedere le propensioni all'interazione proteina-RNA con grande precisione (fino all'89% sul database di interazione ncRNA-proteina, NPinter).

Vedi domanda aggiornata, l'OP non sta solo cercando interazioni proteina-proteina ...
@Llopis ah, accidenti. Sarà più difficile.
Grazie per la risposta originale, questo aiuta però
Anche @jaslibra catRapid dovrebbe essere buono. Non l'ho usato ma ho usato altri strumenti dello stesso autore e tendono ad essere molto buoni. Cos'altro ti serve però? Proteine-proteine ​​e proteine-RNA e cos'altro?
#2
+2
Aalawlx
2017-10-11 23:22:14 UTC
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IBIS riporta l'interazione delle proteine ​​con altre biomolecole. La tua proteina o il tuo omologo deve esistere nella Protein Data Bank.

IBIS @ NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/ibis/ibis.cgi

"Per una data sequenza di proteine ​​o query di struttura, IBIS riporta interazioni proteina-proteina, proteina-piccola molecola, acidi nucleici proteici e interazioni proteina-ione osservate in assiemi biologici strutturali determinati sperimentalmente. IBIS deduce anche / predice i partner interagenti e i siti di legame per omologia, ispezionando i complessi proteici formati da omologhi vicini di una data query. Per garantire la rilevanza biologica dei siti di legame dedotti, l'algoritmo IBIS raggruppa i siti di legame formati da omologhi basati sulla sequenza del sito di legame e sulla conservazione della struttura. "



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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