Domanda:
Qual è la differenza tra i tipi di celle ENCODE Tier 1, 2 e 3?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
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La matrice degli esperimenti ENCODE presso UCSC elenca i diversi tipi di celle disponibili nelle categorie "Livello 1", "Livello 2" e "Livello 3". Qual è la differenza tra queste classificazioni?

Che cosa, ad esempio, rende GM12878 un tipo di cella di livello 1 e A549 un tipo di cella di livello 2?

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Dovresti leggere [Guida per l'utente all'Enciclopedia degli elementi del DNA (ENCODE)] (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)
Due risposte:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
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I livelli indicano la priorità originale del sequenziamento e dell'elaborazione dei campioni. Ciò è comprensibile dato il numero di segni e tipi di esperimenti che ENCODE ha cercato di mettere in sequenza. Ulteriori dettagli sono disponibili sul sito web di ENCODE.

Modifica : solo per espandere un po ', le celle di livello uno dovevano essere elaborate per prime. Quindi il livello 2 è arrivato secondo. Ovviamente il livello 2 aveva MOLTE più celle, quindi è stato diviso in 2 e 2,5, poiché apparentemente c'erano già celle di livello 3.

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
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Dal sito web di Encode:

... Per aiutare nell'integrazione e nel confronto dei dati prodotti utilizzando diverse tecnologie e piattaforme, il Consorzio ENCODE ha designato i tipi di cellule che verrà utilizzato da tutti gli investigatori. Questi tipi di cellule comuni includono sia linee cellulari che tipi di cellule primarie e sono in corso piani per esplorare l'uso di tessuti primari e cellule staminali embrionali (ES).

I tipi di cellule sono stati selezionati principalmente per motivi pratici, tra cui la loro ampia disponibilità, la capacità di farle crescere facilmente e la loro capacità di produrre un numero sufficiente di cellule da utilizzare in tutte le tecnologie utilizzate dai ricercatori ENCODE. Considerazioni secondarie erano la diversità nella fonte tissutale delle cellule, la rappresentazione del lignaggio dello strato germinale, la disponibilità di dati esistenti generati utilizzando il tipo di cellula e il coordinamento con altri progetti in corso. È stato anche fatto uno sforzo per selezionare almeno alcuni tipi di cellule che hanno un cariotipo relativamente normale ...



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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