Domanda:
Variante strutturale che richiede dati PacBio a bassa copertura
Manuel
2017-06-01 04:46:41 UTC
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PacBio vende ~ 10 letture lunghe di PacBio SEQUEL come aggiornamento dei dati Illumina per la scoperta di SV.

In un contesto clinico, i requisiti principali sono la sensibilità e la specificità adeguate, ma anche almeno le famiglie. Ciò richiede una fase di genotipizzazione, tale da poter identificare se una determinata variante è condivisa da due o più individui o se non lo è.

Quali sono gli strumenti del mestiere per questo compito?

Poiché avere 50-60 letture di PacBio non è un'opzione da un punto di vista economico, è necessario accontentarsi di una copertura 10x.

Due risposte:
#1
+2
Kamil S Jaron
2017-06-01 20:11:07 UTC
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C'è una valutazione degli algoritmi PB Honey e Sniffles per i set di dati PacBio a bassa copertura in questo prestampa e un'altra valutazione è mostrata in questo poster. Entrambi i rapporti concordano sul fatto che ottimale è (sorprendentemente) una combinazione di PB Honey e Sniffles.

L'autore di Sniffles ha confrontato Sniffles con PB Honey, dove ha mostrato che Sniffles ha prestazioni significativamente migliori. Dai un'occhiata a questa presentazione (diapositiva 15).

Un'altra opzione è SMRT-SV, ma non sono a conoscenza di alcun benchmarking.

SMRT-SV utilizza una copertura di qualità dell'assemblaggio delle letture PB e purtroppo di scarso utilizzo. PB Honey e Sniffles sono essenzialmente inutili per gli studi clinici sulla linea germinale poiché nessuno dei due supporta la chiamata multi-campione e quando si confrontano le chiamate da entrambi gli strumenti su pazienti in cui avevamo anche genomi Illumina X Ten si sono mostrati promettenti nei dati PB ma gravi problemi con gli strumenti esistenti.
Posso immaginare che se le chiamate SV prendessero in considerazione tutti i dati della famiglia in una volta, i risultati sarebbero più affidabili. Tuttavia è davvero un problema fare le chiamate delle varianti individualmente e quindi confrontarle / unirle? Immagino che sarebbe ancora meglio di Illumina ...
Qualcuno ha utilizzato con successo uno di questi programmi sui dati generati da MinION?
@MatthewBashton per questo dovresti aprire una nuova domanda ...
#2
+1
Manuel
2017-06-01 04:48:38 UTC
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Sono a conoscenza delle seguenti opzioni (pochissime e non ottimali):

  • Sniffles - purtroppo non molto affidabile nella mia esperienza, anche nessun passaggio di genotipizzazione o supporto multi-campione
  • PB Honey - nessuna fase di genotipizzazione o supporto multi-campione


Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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