Qual è lo standard attuale per imputare i genotipi mancanti tra due pannelli di genotipizzazione? Ho due popolazioni genotipizzate usando due pannelli differenti (A & B), e vorrei imputare tutti i genotipi nella popolazione B per quelle posizioni usate nel pannello A.
Ho letto gli esempi per impute2, e penso che la cosa più vicina a quello che sto cercando sia questo esempio, "Assegnazione con un pannello di riferimento senza fasi".
In poche parole, voglio fornire un elenco di SNP, un file di varianti per la popolazione B e informazioni sugli aplotipi da 1.000 genomi e ottenere genotipi imputati per ogni SNP nell'elenco. Impute2 è lo stato dell'arte per questo?