Domanda:
Phyre2 vs ITasser, modelli completamente diversi generati
Te-Yo
2017-05-19 23:59:49 UTC
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Qualcuno ha esperienza nella generazione di strutture pdb con Phyre e gli strumenti online di ITasser. I risultati generati da ciascuno dato lo stesso input di sequenza di amminoacidi sono molto diversi e mi chiedo se questa sia o meno un'esperienza usuale. So che ITasser era il numero 1 classificato nei percorsi CASP, ma i risultati dovrebbero essere davvero così disparati?

Dovresti sempre passare i tuoi modelli attraverso un programma di valutazione della qualità del modello per valutare l'affidabilità e selezionare il migliore.
Due risposte:
#1
+5
Rosalind Was Robbed
2017-05-20 09:11:29 UTC
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Conosco meno Phyre, ma I-TASSER è un sistema davvero sofisticato che prende i risultati di una ricerca utilizzando più threader e li inserisce in una simulazione ab initio che cerca di ridurre al minimo l'energia dei modelli campionandone molti possibili conformazioni 3D, cosa che non credo faccia Phyre.

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline. jpg

Confronta con uno schema di flusso di lavoro simile per Phyre:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

La previsione della struttura ha ancora molta strada da fare e otterrai sempre risultati migliori se ci sono omologhi vicini disponibili nel PDB, ma date le prestazioni elevate e costanti di I-TASSER in CASP, tratterei quei risultati come più significativi . Detto questo, non può far male considerare più risposte.

Modifica: incluso il collegamento di blmoore alla seconda metà dello schema del protocollo Phyre

Ti stai collegando solo alla prima metà del flusso di lavoro di phyre2: http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html
#2
+1
Joe Healey
2019-04-04 13:13:28 UTC
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Questa potrebbe non essere la risposta completa alla domanda, ma una differenza fondamentale tra Phyre e ITasser (penso di aver ragione nel dire), è che Phyre restituisce solo le regioni del modello che considera sufficientemente ben modellato, quindi potrebbe non essere un modello a figura intera. ITasser, d'altra parte, genera sempre modelli a grandezza naturale.

Come allude una delle altre risposte, dipende molto dalla tua proteina di interesse. Se non è ben rappresentato nei database, le fasi iniziali del threading non produrranno buoni modelli e tutti i passaggi successivi ne risentiranno.



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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