Domanda:
Cosa sono le "letture divise" e gli "ammassi di introni"?
CelineDion
2018-10-19 00:15:30 UTC
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Sto lavorando su il set di dati di esempio per LeafCutter e la documentazione menziona le "letture separate":

Questo raggrupperà gli introni fond [ sic ] nei file junc elencati in test_juncfiles.txt, richiedendo 50 letture suddivise che supportano ogni cluster e consentono introni fino a 500 kb.

Ricerca di "letture divise" su Google ha prodotto pochi risultati e i risultati che ho trovato sono stati difficili da capire per me,

Le letture chimeriche si verificano quando una lettura di sequenziamento si allinea a due porzioni distinte del genoma con poco o nessuna sovrapposizione. Le letture chimeriche sono indicative della variazione strutturale. Le letture chimeriche sono anche chiamate letture divise.

Una lettura di sequenziamento si allinea a due porzioni distinte del genoma, ma poi con poca o nessuna sovrapposizione? Non è una contraddizione?

Posso dedurre più o meno cosa sono i "cluster di introni", ma ho pensato che avrei potuto anche provare a sollecitare una definizione più formale. So cosa sono gli introni e posso capire cosa significa raggrupparli insieme. Immagino di voler solo sapere cosa significano le letture divise e i cluster di introni nel contesto dell'elaborazione dei dati di esempio per LeafCutter.

Una risposta:
Bioathlete
2018-10-19 01:23:13 UTC
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letture divise : vengono lette con due o più allineamenti al riferimento dalla regione univoca della lettura. In questo esempio, una lettura di 150 bp sequenziata dall'RNA potrebbe avere la base 1-75 che si allinea all'estremità 3 'dell'esone2 e le basi 76-150 che si allineano all'estremità 5' dell'esone3. Questa sarebbe una lettura divisa perché ha due allineamenti (esone2 ed esone3) e tali allineamenti provengono da parti uniche (non sovrapposte) della lettura, 1-75 e 76-150.

Le letture chimeriche sono un esempio di letture divise. Molte persone usano "letture chimeriche" per descrivere un tipo di rumore che si verifica durante la PCR o il sequenziamento in cui le basi di due diverse molecole vengono riportate come una lettura e gli allineamenti di quella lettura si dividono quando si allinea alla posizione delle due originali molecole.

"cluster di introni" - In questo caso penso che il software LeafCutter stia descrivendo pile di letture divise in cluster per supportare il rilevamento di un introne.

* "Le letture chimeriche sono un esempio di letture chimeriche" * - ci sono, ehm, almeno due problemi con quella frase!
hey, quindi possiamo dire che una lettura divisa può essere un candidato di una fusione gene / trascrizione?
Sì, le letture divise potrebbero essere. Molti strumenti di rilevamento della fusione utilizzano informazioni di lettura divisa


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Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 4.0 con cui è distribuito.
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