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Download di un genoma di riferimento per Bowtie2

asked 2017-06-01 03:56:27 UTC

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hg38 GTF file con annotazioni RefSeq

asked 2017-09-21 06:17:29 UTC

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Qual è la causa effettiva degli zeri eccessivi nei dati di sequenza di RNA di una singola cellula? È PCR?

asked 2017-10-20 13:50:43 UTC

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Cosa sono le "letture divise" e gli "ammassi di introni"?

asked 2018-10-19 00:15:30 UTC

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Pacchetti R per l'analisi dei dati di schermi CRISPR raggruppati

asked 2017-06-05 21:36:55 UTC

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Strumenti per convertire VCF in MAF e MAF in VCF?

asked 2018-01-28 04:01:25 UTC

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Come determinare rapidamente le mutazioni in una lettura di un file sam?

asked 2017-05-18 08:14:29 UTC

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Come gli attributi GFF3 (nona colonna) variano da un algoritmo di predizione genica a un altro

asked 2017-07-28 22:57:13 UTC

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Lavorare con vecchie build del genoma

asked 2017-06-01 01:47:18 UTC

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In che modo le analisi dei componenti principali e delle miscele da un allineamento genetico sono diverse?

asked 2018-04-19 08:32:18 UTC

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Come isolare i geni da interi genomi per l'analisi dell'albero filogenetico?

asked 2017-07-05 19:20:22 UTC

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Gli algoritmi di costruzione di alberi filogenetici sono diversi dagli algoritmi di clustering generali?

asked 2019-04-09 10:15:37 UTC

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Quale software di ricerca di motivi è disponibile per sequenze multiple ~ 10Kb?

asked 2017-06-09 01:21:19 UTC

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Qual è il metodo migliore per stimare un albero filogenetico da un ampio set di dati di> 1000 loci e> 100 specie

asked 2017-06-10 08:57:27 UTC

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Quale misura dovrebbe essere usata in un PCA o in dati RNA-seq? TPM o conta?

asked 2017-08-18 15:13:13 UTC

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Come posso leggere i file FCS utilizzando le librerie open source?

asked 2017-06-30 15:37:39 UTC

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Come posso utilizzare le letture Nanopore per chiudere le lacune o risolvere le ripetizioni in un assembly di lettura breve?

asked 2017-07-26 14:40:19 UTC

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Ridimensionamento per regressione lineare rispetto al numero di letture

asked 2017-12-28 03:24:17 UTC

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Un modo per ottenere sequenze genomiche a determinate coordinate senza scaricare prima i file fasta di interi cromosomi / genomi?

asked 2017-09-20 07:22:25 UTC

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Come convertire in modo sicuro ed efficiente un sottoinsieme di bam in fastq?

asked 2017-07-26 16:54:47 UTC

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Le varianti di chiamata cambiano quando chiami da CRAM?

asked 2017-06-08 19:54:57 UTC

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Errore di Python di sovrapposizione dell'intervallo con le regioni genomiche

asked 2017-06-21 00:26:57 UTC

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C'è un modo per assemblare contig a partire da una sequenza specifica?

asked 2019-04-09 16:50:23 UTC

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Come posso convertire i file di traccia SCF in file ABI?

asked 2017-06-13 16:51:33 UTC

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Cos'è "k" in sequenza?

asked 2019-12-28 07:30:35 UTC

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Lo stato, i limiti e i confronti dei negozi di grandi varianti

asked 2017-05-22 21:14:17 UTC

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Prokka esegue traduzioni in sei frame?

asked 2018-12-28 01:01:37 UTC

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Come valutare se una lettura lunga è una sequenza significativa?

asked 2017-06-19 05:24:15 UTC

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Come rappresentare una cancellazione alla posizione 1 in un file VCF?

asked 2017-09-06 18:59:05 UTC

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Come posso calcolare gene_length per il calcolo RPKM dai dati di conteggio?

asked 2017-09-26 14:47:26 UTC

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Come tracciare i cambiamenti di stato del personaggio da una matrice presenza-assenza a una filogenesi

asked 2018-10-08 16:13:07 UTC

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Come calcolare in modo efficiente la percentuale esatta di k-meri non univoci in un genoma per un dato k?

asked 2018-03-14 13:44:03 UTC

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Come interrogare una rete per un batterio, in particolare Streptomyces caatingaensis o Streptomyces thioluteus?

asked 2017-11-12 03:58:50 UTC

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Dedurre le caratteristiche UTR mancanti nel file GFF3

asked 2017-12-29 23:49:41 UTC

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Numero di sequenze di riferimento in un file SAM

asked 2018-05-14 19:40:08 UTC

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Converti allineamenti locali in allineamenti uniti nel file SAM

asked 2017-08-30 18:24:42 UTC

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GISTIC (v 2.0) stima le probabilità amplificate / cancellate su base campione singolo?

asked 2017-05-26 03:47:46 UTC

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In che modo l'algoritmo BWA-MEM assegna le sue qualità di mappatura?

asked 2017-05-31 02:36:46 UTC

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Unisci centinaia di piccoli file BAM in un unico file BAM

asked 2017-05-19 10:50:24 UTC

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Cos'è il salvataggio del compagno in bwa mem?

asked 2018-11-27 00:23:51 UTC

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file letto con N regioni di riferimento GRCh38?

asked 2018-02-13 15:45:05 UTC

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Come massimizzare l'analisi fastq con FastqGeneralIterator (Bio.SeqIO.QualityIO)

asked 2017-06-23 04:42:46 UTC

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Come modificare gli ordini di esecuzione per Snakemake?

asked 2020-05-03 19:14:01 UTC

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È possibile utilizzare un file .gtf GRCh38 personalizzato con una qualsiasi delle patch rilasciate da GRCh38?

asked 2017-06-09 14:15:27 UTC

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Come convertire il file .vcf (imputato) con formato GT: GP in GT: DS?

asked 2017-06-29 20:45:09 UTC

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combinando l'uso di workdir e dell'opzione --jobscript in snakemake

asked 2017-07-18 20:34:50 UTC

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Assemblaggio del genoma da letture soggette a errori

asked 2017-10-22 17:20:58 UTC

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Perché questo comando makeblastdb non funziona?

asked 2017-09-21 17:53:10 UTC

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Espressione differenziale con 2 trattamenti

asked 2017-10-30 20:41:14 UTC

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Come selezionare una potenza per una rete con topologia senza scala

asked 2017-05-22 20:02:28 UTC