Domanda:
Cos'è il salvataggio del compagno in bwa mem?
juniper-
2018-11-27 00:23:51 UTC
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BWA mem ha i tag -S e -P per skip mate rescue e skip pairing; salvataggio compagno eseguito a meno che non sia in uso anche -S .

Cosa fanno? Presumo che -P allinea le coppie di lettura indipendentemente l'una dall'altra. È corretto?

E cosa fa -S ?

Quale versione di BWA mem stai usando? Hai guardato il manuale che viene installato con bwa? "Per favore` man ./bwa.1 'per il manuale. "
0.7.17; Ho guardato la pagina del manuale ma la spiegazione è alquanto criptica: _ "- P: Nella modalità paired-end, esegui SW per salvare solo i colpi mancanti, ma non cercare di trovare i risultati che si adattano a una coppia corretta." _
Due risposte:
Soo Lee
2018-11-27 12:08:12 UTC
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L'uso di -SP equivale a eseguire bwa mem su ciascuno dei due accoppiamenti come se fossero letture single-end, ma formatta l'output come una coppia appropriata -end output, cioè con tutti i flag relativi alla coppia aggiunti correttamente. Senza -SP , per impostazione predefinita bwa mem forza un allineamento di una lettura allineata male se il suo accoppiamento è allineato da qualche parte. -SP disattiva l'allineamento forzato. Usiamo -SP per mappare le letture Hi-C.

h.mon
2018-11-27 02:24:57 UTC
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Se una legge le mappe e l'altra no, BWA tenta di salvare l'altra lettura eseguendo l'allineamento Smith-Waterman con l'accoppiamento non mappato, -S disabilita questo salvataggio dell'accoppiamento.

-P disabilita effettivamente l'associazione, ma il salvataggio dell'accoppiamento è ancora abilitato - penso che -P disabiliti l'impostazione del flag di coppia corretto. Se imposti -P e -S , BWA mappa le letture accoppiate essenzialmente come letture singole.

Cosa significa "tentativi di salvataggio"? Perché la seconda mappa dovrebbe leggere usando Smith-Waterman e non usando l'algoritmo originale?


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Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 4.0 con cui è distribuito.
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