Domanda:
Come interrogare una rete per un batterio, in particolare Streptomyces caatingaensis o Streptomyces thioluteus?
Henry
2017-11-12 03:58:50 UTC
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Ho un elenco di ID di geni / proteine ​​e non sono riuscito a interrogare una rete utilizzando String, BioGrid, Intact e IIS, per Streptomyces thioluteus.

Il batterio con cui sto lavorando è il Streptomyces caatingaensis . Poiché è più recente di altri, ho pensato di trovare una rete di interazione alla ricerca di Streptomyces thioluteus (che condivide un percorso che sto analizzando in comune, altri non condividono). Di conseguenza, ho questo elenco di proteine, ma non sono riuscito a interrogare alcuna rete dagli ID. A volte non riuscivo a trovare il batterio negli strumenti e quando è stato trovato, come in IIS il risultato era zero interazioni.

C'è qualcosa che ho potrebbe utilizzare per avere una rete che potrebbe essere utilizzata come intuizione per l'analisi?

Una risposta:
Henry
2017-11-15 07:09:11 UTC
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Mi sono reso conto che alcuni strumenti funzionano meglio con i nomi dei geni anziché con qualche tipo di ID.

Utilizzando IIS sono stato in grado di creare una rete utilizzando questo elenco di proteine ​​( Streptomyces caatingaensis ) interrogando proteine ​​mediante nomi di geni aventi come base l'E. Coli.

Lo strumento ha 3 schede principali: proteine, annotazione e interattoma. Cerca i nomi dei geni nelle proteine , vai su Interactome, imposta i parametri e crea la rete.

PS Se non sei abituato allo strumento dovresti leggere l'articolo di ricerca disponibile sulla home page prima di utilizzare la rete per scopi di ricerca.



Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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