natasa
2017-06-05 21:36:55 UTC
Stiamo progettando un esperimento CRISPR / Cas9 e pensando all'analisi dei dati a valle.
Esistono pacchetti R per analizzare i dati grezzi del conteggio delle letture NGS da schermi genetici raggruppati utilizzando CRIPSR / Cas9 per interrompere l'espressione genica in una popolazione di cellule? Immagino che dovremo iniziare con le basi, ovvero elaborazione di sequenze, esplorazione dei dati, visualizzazione ecc.
In che modo è diverso da altre analisi delle espressioni? Cioè perché non puoi utilizzare uno dei flussi di lavoro standard per l'analisi delle espressioni differenziali?
Vorrei solo sottolineare che l'utilizzo di CRISPR / Cas9 per l'editing e la semplice stima dell'espressione potrebbe non essere una grande idea di per sé. Se si dispone di un numero davvero elevato di campioni, potrebbe interessarti innanzitutto verificare il carico mutazionale introdotto da questa modifica. Quindi preferibilmente vai con l'analisi dell'espressione. Vorrei anche utilizzare gli strumenti di seguito come menzionato, ma non farò nulla senza nemmeno considerare se il mio editing sta generando molti SNV o meno. Se non sta lanciando, allora dovresti stare bene facendo l'analisi a valle con un effetto misto lineare.