Domanda:
Cos'è "k" in sequenza?
Jonathan
2019-12-28 07:30:35 UTC
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Quando una sequenza di DNA viene sequenziata, mi sono occupato solo di A, T, C, G e N che indicano basi non identificabili. Tuttavia, recentemente mi sono imbattuto in una "k" e ho chiesto a un altro ricercatore che mi ha dato una risposta per ciò che rappresenta "k", ma non ricordo bene. Non può essere solo un'anomalia in quel file di sequenza. Qualche idea?

K è anche l'amminoacido lisina (e k-mers sono qualcos'altro ovviamente)
Due risposte:
user6690
2019-12-28 07:52:09 UTC
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Vedi i codici IUPAC:

IUPAC codes

Quindi, come puoi vedere sopra, K significa "O G o T".

Michael
2019-12-28 10:12:48 UTC
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Si consiglia di apprendere il codice nucleotidico degenere. Nel sequenziamento può significare dati di sequenza di scarsa qualità, ma nella progettazione di primer è utile. R (mutazione all'interno delle purine) e Y (mutazione all'interno delle pirimidine) sono comuni. K, una mutazione da purina a pirimadina o da pirimadina a purina è, a mio parere, rara. Tratterei una mutazione K con cautela e prenderei in considerazione il codone tripletto attorno ad essa, cioè se fa parte di un gene proteico.

La maggior parte dei programmi filogenetici funzionerà con il codice nucleotidico degenere, quindi in teoria puoi ancora ottenere informazioni utili con esso.



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Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 4.0 con cui è distribuito.
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