TasosGlrs
2017-06-09 14:15:27 UTC
Ho un file GRCh38.79 .gtf personalizzato (modificato per non avere geni MT) e ho bisogno di creare un genoma di riferimento da esso (per la pipeline 10xGenomics CellRanger). Sospetto che la parte .79 sia il numero di Ensembl, che secondo questo elenco di archivi di ensembl è abbinato alla patch GRCh38.p2.
Dovrei usare il file fasta di questa patch, o andrebbe bene usare una qualsiasi delle patch GRCh38?
Hai preso in considerazione l'invio di e-mail a 10xGenomics e la domanda? Stai già pagando loro i soldi per i loro prodotti, quindi risponderanno.
So come creare il genoma di riferimento usando cellranger, nel qual caso potrebbero aiutare. La mia domanda è più su come funziona il controllo delle versioni GRCh ##, per il quale penso che qui sia un posto migliore e decisamente più veloce per chiedere piuttosto che 10xGenomics.
Le diverse versioni di Ensembl sono associate a patch del genoma con diversi contigui di patch, quindi diventa una questione se il loro software sia in grado di gestire i contigui mancanti.
Va bene, giusto! Questa è una domanda che dovrei porre loro. Grazie @DevonRyan. Tuttavia, se la loro risposta è positiva, sarebbe ancora molto meglio usare entrambe le parti della stessa versione, o non fa molta differenza?
Se non danneggia il loro software, allora non dovrebbe importare in alcun modo :) In realtà, è banale rimuovere un intero cromosoma da un GTF, quindi usa GTF / fasta dalla versione più recente di Ensembl e otterrai risultati leggermente più affidabili.
A proposito, sentiti incoraggiato a pubblicare la loro risposta, da allora verrà indicizzata su Google.