Penso che dovresti usare la direttiva priorità per dare la precedenza alle regole a valle.

Qui di seguito dò maggiore priorità a passaggio2 quindi, quando il primo campione ha completato step1 , snakemake eseguirà il passaggio 2 su quel campione anziché inviare un altro campione al passaggio1.

  SAMPLES = ['S1', 'S2', 'S3'] wildcard_constraints: sample = '|' .join ([re.escape (x) for x in SAMPLES]) regola tutti : input: expand ("{sample} .done", sample = SAMPLES) regola passo1: priorità: 1 output: regola "{sample} .step1.done" shell: r "" "sleep 5 touch {output}" "" step2: priorità: 10 input: "{sample} .step1.done" output: "{sample} .done" shell: r "" "sleep 5 touch {output}" ""  

(Nota che senza wildcard_constraints il tuo / questo codice genera AmbiguousRuleException )

Il problema che stai riscontrando è che quando snakemake determina l'ordine di esecuzione di un insieme di regole crea prima un Grafico aciclico diretto (DAG) di tutte le regole. Ciò mostra quali regole dipendono l'una dall'altra e in quale ordine possono essere eseguite in sicurezza, senza interrompere le dipendenze a valle.

In generale, se vuoi che le attività vengano eseguite una dopo l'altra che non condividono un'esplicita dipendenza da file, puoi usare un file flag come uscita per regola 1 quindi fai riferimento a esso come input nella regola 2 .

Sfortunatamente, non credo che questo ti aiuterà nel tuo caso. Stai espandendo l'elenco SAMPLES e stai creando un carattere jolly. nel DAG questo crea due rami di esecuzione completamente separati che non hanno dipendenze l'uno con l'altro. È garantito che passaggio1 e passaggio2 avvengano in ordine per ogni campione, tuttavia non ci sono garanzie tra i campioni.

C'è un motivo specifico per cui è necessario che tutte le attività S2 vengano eseguite dopo S1 ? In tal caso, la soluzione migliore sarebbe creare regole esplicite per il campione 1 e il campione 2, utilizzando il Flag File per incidere quando step2 per S1 è fatto.