Le letture MinION a bassa copertura dovrebbero essere utili per colmare le lacune e risolvere le ripetizioni lasciate dagli assemblatori di letture brevi. Tuttavia, non ho avuto alcun successo con il software che conosco. Sono a conoscenza dei seguenti pacchetti, sia per lo scaffolding che per colmare le lacune in assembly di lettura breve utilizzando letture lunghe:
Ho provato npScarf e LINKS e sono stati eseguiti correttamente ma non hanno risolto le lacune nel mio assembly. Non sono riuscito a far funzionare PBJelly e OPERA-LG con le versioni correnti di BLASR e samtools e entrambi i pacchetti sembrano non essere mantenuti. Non ho provato SSPACE-longread perché non è open source.
Quale software posso utilizzare per colmare le lacune e risolvere le ripetizioni in un assembly di lettura breve con copertura dati sui nanopori?
Maggiori informazioni
Sto finendo un genoma mitocondriale. Ho un assembly di lettura breve da 17 kb con uno spazio vuoto. Questo è stato effettuato da 2x150b di letture paired-end da una libreria TruSeq PCR-free con una dimensione dell'inserto di 400 b. I dati molecolari suggeriscono che il genoma potrebbe essere di circa 32 kb.
Dopo aver mappato le letture brevi rispetto all'assemblaggio di letture brevi, Pilon ha identificato una ripetizione tandem di 156 bp in una regione ricca di AT, ma non sono riuscito a colmare il divario.
Ho 1.4 Gb di letture rapide MinION con un L50 di 8808 b. Ho mappato queste letture rispetto all'assembly di lettura breve e posso vedere letture che coprono il divario. Mi sembra di avere le informazioni necessarie per colmare il divario, ma non so come farlo.
L'organismo ha un genoma nucleare> 600 Mb, quindi la copertura di letture lunghe è bassa. Nonostante ciò, ho provato un assemblaggio de novo Canu delle letture Nanopore e ho estratto un contig da 39 kb contenente geni mitocondriali. La maggior parte dei geni su questo contig sono duplicati e frammentati e Pilon non è stato in grado di migliorarli.
Grazie per la lettura!