Potresti usare liftOver che non è sempre eccezionale.
Ogni volta che incontro questo (specialmente i dati NGS prontamente disponibili su SRA), spesso ottengo solo i file raw (ad esempio fastqs) e ri- align / re-map.
Nel tuo caso (array) potrebbe essere un po 'difficile. Non impossibile, però, poiché di recente ho preso alcuni vecchi dati di microarray di DNA / RNA di lievito e li ho aggiornati al genoma più recente. Richiede solo i dati giusti (come il DNA per la normalizzazione) e una buona comprensione dell'intero processo.
Un'ultima risorsa / alternativa è allineare i tuoi nuovi dati al vecchio genoma per essere in grado di fare confronti. Questo non è l'ideale ma funziona nei casi in cui l'aggiornamento di una fonte non è possibile o è una quantità ENORME di tempo / impegno. L'ho fatto per alcuni esperimenti di volo in cui tutti i dati disponibili / precedenti erano stati eseguiti in dm3. Tutti i vecchi genomi possono essere generalmente trovati su http://archive.ensembl.org.