Laura
2019-04-09 16:50:23 UTC
Il mio lavoro prevede la ricerca di geni / frammenti marcatori in database metagenomici (come il Sequence Read Archive). Una volta trovate queste sequenze, vorrei saperne di più sulla regione genomica vicina.
Esiste un modo per assemblare solo sequenze che creano un contig che contiene la mia regione di interesse? I contenuti che non contengono questa regione non mi sono utili. Il mio organismo di interesse potrebbe rappresentare una minoranza del metagenoma e l'assemblaggio di tutto nel set di dati richiederebbe molta potenza di calcolo.
Buona domanda! So che alcuni degli assemblatori per mtDNA stanno lavorando su questo principio - cercando la mappatura delle letture su un gene mt conservato e poi estendendo la sequenza, forse potresti modificare uno di questi strumenti.