ShanZhengYang
2018-01-28 04:01:25 UTC
Normalmente, userei gli script vcf2maf per convertire un VCF in un MAF (o viceversa).
Questo è un ottimo software, ma sul mio sistema, script perl con le dipendenze sono facili da rompere. (Qui usa VEP.)
Ci sono altre alternative a questo?
Cosa intendi con questo: "sul mio sistema, gli script Perl con dipendenze sono facili da violare"?
@KonradRudolph Nella mia esperienza, le dipendenze di perl + bioinformatics sono un incubo. Il nostro amministratore di sistema mantiene +12 versioni di perl per far fronte a questo. (Non voglio iniziare a litigare con nessun perlvertito, ma è noioso in contrasto con R / Python.)
Interessante, non sono sicuro di aver capito il motivo. In ogni caso, R ha sicuramente lo stesso, o peggio, problema: fondamentalmente non può gestire più versioni di pacchetti (a differenza di Python).
@KonradRudolph Concordo con questa valutazione. Puoi discuterne con la mia squadra.